Kakashi é considerado o Jounnin mais forte de Konoha, e ainda um dos mais fortes shinobis do mundo de naruto. Com apenas 6 anos ele já era um chuunin, com 10 anos já era jounin, com 13 se tornou líder do time de perseguições e assassinatos da ANBU . Desenvolveu jutsus, treinou muitos ANBUs, e com o Sharingan já copiou mais de 1000 jutsus, aumentando sua fama pelo mundo shinobi. É tido com um dos ninjas mais fortes que existem. Sua força e habilidades são tidas como de nível Kage e é também tido como um candidato a Hokage de Konoha. Seu pai, quando vivo, também era forte, conhecido como o "Canino Branco de Konoha", Hatake Sakumo, comparável aos três ninjas lendários (sannin). O apelido de Canino Branco era pelo fato de controlar cães, e de possuir uma espada, que conseguia emanar tanto chakra que brilhava. Em uma missão ele não quis ir em frente por causa da vida de seus companheiros, o que trouxe péssimas consequências. Todos culparam Hatake Sakumo, até mesmo seus companheiros que foram salvos. Por fim ele se suicidou, e Kakashi percebeu que um ninja não deve ter sentimentos, ele deve fazer a missão, não importado a vida dos companheiros.

Quando virou jounin, sua primeira missão foi ser líder de seus amigos e companheiros Uchiha Obito e Rin na destruição de uma ponte que levava suprimentos para o país da Pedra. Numa batalha sua amiga Rin é sequestrada. Kakashi, de início, diz que eles devem seguir a missão, já que se eles forem resgatar a Rin eles correm o risco de não completa-la.Mas Uchiha Obito briga com Kakashi e diz que aquele que não se importa com companheiros é o pior lixo que existe, e vai atrás de Rin. Kakashi aparece depois. Tentando salvar Obito, Kakashi fere seu olho esquerdo, ficando cego dele, e Obito desperta o Sharingan. Eles resgatam Rin, mas Obito fica esmagado embaixo de uma pedra. Ele pede que Rin tire o Sharingan dele e passe para Kakashi. Kakashi percebe o quanto foi tolo, e decide seguir os conselhos do amigo, compartilhando de sua filosofia.

Mais tarde ele vira um ANBU, fazendo missões, mas ele sai dessa vida para voltar a ser jounin. Ele faz testes para que genins caiam no time dele, mas todos são reprovados por fazerem apenas o que lhes é dito. Uzumaki Naruto, Haruno Sakura e Uchiha Sasuke entendem o que ele quer dizer e entram para o time dele. Kakashi, depois, treina Sasuke com o uso do Sharingan, e o ensina o Chidori. Kakashi tenta fazer Sasuke esquecer seu passado e sua vingança, mas sem sucesso, já que este é muito determinado . Assim ele fica algum tempo sem seus genins, já que Naruto saiu com Jiraiya e Sakura está com Tsunade.

Anos depois, Naruto volta e o time Kakashi está completo, com Kakashi, Sakura e Naruto, e a primeira missão deles é resgatar Gaara, que havia sido sequestrado pela Akatsuki. Eles conseguem com a ajuda de uma ninja da Aldeia da Areia, Chiyo. Nessa missão Kakashi mostra um novo jutsu, Mangekyou Sharingan, ao perseguir Deidara. Apesar dele não explicar o porque dele ter conseguido esse Sharingan, já que segundo Uchiha Itachi é necessário matar o melhor amigo, ele tem(acredita-se que cada estágio do Mangekyou Sharingan teria um requisito, e esse seria de ter mais jutsus copiados). E o usou três vezes seguidas de um ataque, que o deixa de cama.

Por estar de cama, ele não pôde ir para a próxima missão com seu time, ir atrás do espião de Sasori que está infiltrado entre os homens de Orochimaru. Yamato é posto em seu lugar como líder temporário. Quando o time volta, Yamato conta que eles entraram no esconderijo de Orochimaru, e que Sasuke estava lá, muito forte. Kakashi, ao encontrar Naruto e Sakura, que foram visitá-lo no hospital, diz que eles precisam ficar mais fortes, e propõe um treinamento, que irá deixar principalmente Naruto mais forte (até mesmo mais do que o Kakashi). O treinamento seria Naruto inventar um jutsu poderoso por um método rápido, mas antes de detalhar mais, o time Asuma chega. Kakashi adia a conversa, e fica sozinho com Sarutobi Asuma, que quer falar com ele, mas Yuuhi Kurenai entra na sala atrás de Asuma, e os dois saem, com a promessa de Asuma que depois Kakashi saberá o que ele queria. Começa o treinamento de Naruto, ensinando um jutsu mais poderoso do que o Rasengan. Primeiro, Uzumaki Naruto irá aprender a moldar o seu chakra para que ele possa usar seu elemento principal, o Fuuton (vento). Para isso, Uzumaki Naruto usa seu Tajuu Kage Bunshin no Jutsu, e cada um de seus clones treinar, aumentando a velocidade de aprendizado. O chakra de Naruto será vigiado pelo ninja Yamato, para poder controlar o chakra da Kyuubi. Kakashi conta para Naruto que Asuma tem o mesmo elemento que ele, e este vai pedir dicas. Uzumaki Naruto consegue cortar a folha, desmaiando de cansaço. Yamato e Kakashi dizem que agora o treinamento de Naruto é usar o vento para cortar uma cachoeira, obtendo êxito. Kakashi diz que agora Naruto deve juntar o que ele aprendeu com seu Rasengan, e superar Yondaime. Kakashi afirma para Yamato que Naruto vai conseguir superar o Hokage. Depois, Kakashi vai com Shikamaru, Akimichi Chouji e Yamanaka Ino para enfrentar os membros da Akatsuki Hidan e Kakuzu. Ele atravessa Kakuzu com o Chidori, mas mesmo assim ele não morre e derruba-o. Hatake Kakashi pára o ataque de Kakuzu usando dois Chidoris e no final, o time de Uzumaki Naruto, Haruno Sakura, Sai e Yamato o salvam. Hatake Kakashi presencia Naruto usar seu Jutsu Fuuton: Rasenshuriken e derrotar Kakuzu. Ele então fala a Kakuzu que a nova geração de ninjas irá superar a velha, como Uzumaki Naruto fez naquele dia, em seguida dá o golpe final em Kakuzu.